滅菌消毒處理方法較多，可采取高溫高壓蒸汽滅菌法、化學消毒法、微波消毒法等。滅菌消毒法主要是通過高溫、高壓、化學試劑、一定頻率或波長的微波等技術，破壞微生物及病毒的生存環境，降低醫療垃圾對人體健康及環境危害的程度。滅菌消毒法需針對不同的醫療垃圾選擇不同的滅菌方法，其滅菌效果限制因素較多，由于醫療垃圾的種類繁多且差異性大，因此有可能無法達到最佳的滅菌效果。而且垃圾的體積和外觀不會發生明顯改變，一般條件下可用于焚燒前的預處理，在某些情況下也可以作為最終填埋處置前的處理手段。
高溫焚燒法
根據研究，醫療垃圾中占總重量92%的組分為可燃性成分，不可燃成分僅為8%，在一定溫度和充足的氧氣條件下，可以*燃燒成灰燼。焚燒處理是一個深度氧化的化學過程，在高溫火焰作用下，焚燒設備內的醫療垃圾經過烘干、引燃、焚燒三個階段將其轉化成殘渣和氣體，病原微生物和有害物質在焚燒過程中也因高溫而被有效破壞，還能有效實現減容和減重。焚燒法適用于各種傳染性醫療垃圾，是醫療垃圾處理領域的主流技術。
熱解處理法
熱解法是利用垃圾中有機物的熱不穩定性，將醫療垃圾中有機成分在無氧或貧氧的條件下高溫加熱，用熱能使化合物的化合鍵斷裂，使大分子量的有機物轉變為可燃性氣體、液體燃料和焦炭的過程。這種處理技術與焚燒法相比溫度較低，無明火燃燒過程，重金屬等大都保持在殘渣之中，可回收大量的熱能，較好地解決了醫療垃圾焚燒處理技術的最大難題。
等離子體法
等離子體法是處理醫療垃圾的一項創新技術，它消毒殺菌的原理是：用等離子體電弧爐產生的高溫殺死醫療垃圾中的所有微生物，摧毀殘留于細胞的毒性藥物和有毒的化學藥劑，并將金屬銳器及無機化學品熔融，使其*銷毀。
電弧爐處理技術
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